1、主线剧情是高中生侦*工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。

2、只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了。

3、缩小后的新一在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，化名江户川柯南，寄住在父亲以侦*为业的小兰家中。谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦*江户川柯南开始大显身手！